Bakterien kommt eine wichtige Rolle bei der Schaffung und Erhaltung des biologischen Gleichgewichts im Aquarium zu. Sie bauen Ausscheidungen der Fische und andere Schadstoffe ab und sorgen für eine gute Wasserqualität. Insbesondere beim Einfahren eines Aquariums ist die Zugabe schadstoffabbauender Bakterien empfehlenswert. Aber auch bei der Haltung und Zucht von Garnelen und Fischen haben probiotische Bakterien und Hefen ihre positive Wirkung in großem Umfang bewiesen.